19 ноября 1968 года исполком Балашихинского городского совета принял решение об открытии районного краеведческого музея на общественных началах.
Первым директором музея была утверждена Анастасия Яковлевна Мартьянова – преподаватель географии Балашихинской восьмилетней школы № 10. Для сбора материалов и организации работы был создан Совет музея, в который вошли И.И. Халтурина – секретарь общества охраны памятников, Л.В. Курская – заведующая районной библиотекой, Н.А. Фролова – инструктор ГК КПСС, Н.В. Полякова – секретарь исполкома горсовета, а также местные краеведы: Г.Т. Тимофеева, И.М. Хайлов, К.В. Щербакова и Л.Л. Немкович.
Здание, переданное музею, было построено в 1820-м году и служило для нужд почты и шоссейного сбора. 
В создании музея принимали активное участие многие городские учреждения и предприятия, помогая по мере возможности материалами, техникой и «рабочей силой».
В сборе экспонатов принимали участие сотрудники музея, краеведы, а также учителя и учащиеся всех городских школ. А.Я. Мартьяновой были написаны запросы в 17 архивов. Откликнулись и прислали ценные материалы Центральный государственный архив древних актов, Центральный государственный военно-исторический архив, а также Музей архитектуры им. А.В. Щусева и Государственный исторический музей. Всего было собрано 1400 экспонатов из 222 источников (от учреждений, предприятий и частных лиц).
30 июня 1970 года комиссия, в состав которой входили представители городских властей, горкома и областного краеведческого музея, «принимали» готовую экспозицию. Тематически она состояла из следующих разделов: «археология», «история», «природа», «установление советской власти», «сельское хозяйство», «промышленность», «Отечественная война и промышленность», «Балашиха сегодня».
Музей просуществовал до 1979 года, пока не был закрыт, в связи с ремонтом помещения. Некоторое время музей не работал, экспонаты хранились в различных городских учреждениях, и значительная часть их была утрачена.
Вновь музей был открыт только в начале 1990-х годов в помещении цокольного этажа многоэтажного жилого дома по проспекту Ленина, 53, где находится и по сей день. Переезд ознаменовался новым этапом в жизни историко-краеведческого музея, работавшего под руководством Андрея Яковлевича Рогатина. В эти годы активно продолжали формироваться музейные фонды, работал клуб краеведов, проводились научные конференции, организовывались встречи с интересными людьми. Большой вклад в развитие музея внесли краеведы В.Г. Фролов, Л.А. Чухров (коллекция чучел животных, подаренная им послужила основой для создания зала Природы), Н. И. Артемьев, Л.П. Хомутов и многие-многие другие.
После смерти А.Я. Рогатина директором историко-краеведческого музея была назначена Валентина Анатольевна Манина. Музейная работа набирала обороты. В эти годы музейные фонды пополнились коллекцией работ известного фотокорреспондента Виктора Антоновича Темина, большим количеством предметов деревенского быта, найденных в ходе этнографических экспедиций, организованных Валентиной Анатольевной. В 1994 году музей получил статус городского историко-краеведческого музея.
С 1996 года по 2006 г. музей возглавляла Зинаида Максимовна Митюгова. Вторая половина 90-х была ознаменована активизацией работы со школами города. Были разработаны и активно внедрялись музейные программы «Мир вокруг нас», «Музей и школа». В работе музея появилось новое направление — экскурсии по городу: «Старая Балашиха» и «Городские усадьбы и их знаменитые владельцы». Фонды музея пополнились большой коллекцией бытовых предметов, переданной В. Г. Купцовым, поступили интересные коллекции исторических документов, связанных с жизнью и творчеством знаменитого скульптора Георгия Дмитриевича Алексеева, заслуженного артиста РФ режиссера театра кукол им. С. Образцова Владимира Кусова, коллекцией древних актов, переданной Д. Д. Валенко и многими другими экспонатами. С 2004 года стал муниципальным учреждением культуры.
Необходимо сказать о краеведах, на протяжении всех этих лет помогавших сотрудникам музея в создании фондовых коллекций, принимавших участие в проведении конференций, встреч, круглых столов. Это Лидия Петровна Соколова, Таисия Дмитриевна Коновалова, Леонид Петрович Хомутов, Владимир Григорьевич Фролов, Евгений Николаевич Коптев-Гомолов, Юрий Петрович Скородумов, Владимир Петрович Новиков, Елена Николаевна Галицкая и многие другие.
С 2006 по 2007 г. Историко-краеведческим музеем руководил Виталий Леонидович Хомутов. В этот период музейные фонды, значительно увеличившиеся с момента создания музея, требовали активизации хранительской работы, а также увеличения площади фондохранилища. В связи с этим была осуществлена перепланировка помещений, закуплено и установлено новое оборудование, позволившее на небольшой площади хранилища разместить музейные коллекции, в соответствии с современными нормативными требованиями.
В настоящее время в музее 3 зала, в которых располагаются постоянные экспозиции, отражающие историю края с древнейших времен до наших дней. Четвертый зал – выставочный. Каждые 1,5 – 2 месяца в нем проходят тематические выставки.
А конце августа 2008 г. в экспозиционных залах закончилась глобальная реэкспозиция. За годы работы музея были накоплены интереснейшие материалы, которые не демонстрировались ранее. В ходе создания новых экспозиций сотрудники музея постарались представить историю родного края в виде хронологически, тематически и драматургически увязанной последовательности музейных образов основных исторических событий, показать роль отдельных ярких представителей, а также «рядовых» участников в формировании истории и культуры родного края. Согласно новой концепции в тематику Исторического зала включены новые разделы, рассказывающие о культуре родного края, о храмах Балашихинского благочиния, о главных градообразующих предприятиях и формировании жилых массивов. Ранее не объединенные общей темой предметы были скомпонованы в отдельные разделы, что дало возможность рассказать о них более интересно и наглядно. В ходе реэкспозиции были использованы новые композиционные и художественные решения подачи материала. Появилась совершенно новая экспозиция, отражающая жизнь Балашихи в период 50-80-х годов.
В планах музея реэкспозиция зала Природы, переоборудование выставочного зала, создание комплекса мер, позволяющих сделать экспозиции музея более информативными, удобными для восприятия, а также безопасными и комфортными с точки зрения хранения экспонатов.